위하고 연말정산 수정신고, 종합소득세 신고기한 이후라면 이렇게 끝내세요
이 글은 위하고 연말정산 수정신고 절차를
2025년 9월 실행 기준으로 정리합니다.
포커스 키워드인 연말정산 수정신고를
처음부터 끝까지 따라가기 방식으로 설명합니다.
필수 서류와 입력 위치, 전자신고와 정정 제출,
지방소득세 특별징수까지 한 번에 점검합니다.
이글은 사업자가 근로자의 연말정산을 수정신고할때 입니다.
근로자는 근로소득만 있어야 합니다.
회사의 귀책사유 등 다른 이유로
근로자가 본인 종합소득세 신고를 스스로 하지 않고
회사측에 연말정산 수정신고를 강력히 요청할때 하는 방법 입니다.
연말정산 수정신고 개요와 핵심 타이밍
연말정산 차이는 보통 2월 급여 지급월에 반영됩니다.
따라서 2024년 귀속 정산을 고치면
2월 지급월 원천세 신고분을 정기수정신고로
다시 제출하는 흐름이 표준입니다.
연말정산 전산매체 파일은
지급명세서 정정 제출에 재사용합니다.
생성 파일은 홈택스에 업로드합니다.
1단계 사원별 연말정산 데이터 수정과 재마감
경로는 급여 연말정산관리
연말정산근로소득원천징수영수증입니다.
연말, 중도, 총괄 탭에서
인적, 소득, 공제 항목을 정확히 손봅니다.
필요 시 데이터 마감 후 재마감을 통해
전송 가능 여부를 갱신합니다.
2단계 원천징수이행상황신고서 정기수정신고 선택
경로는 세무신고관리
원천징수이행상황신고서입니다.
신고 구분에서 정기수정신고를 고르고
귀속·지급기간을 연말 반영월인 2월로 맞춥니다.
신고일자는 사측에서 원천세 납부 가능한 일자로
입력하세요.
3단계 전자신고 파일 생성과 홈택스 업로드
위하고에서 전자신고 파일을 만들고
홈택스 원천세 메뉴로 업로드합니다.
원천세 관련 전자신고 기능은
홈택스에서 제공됩니다.
연말정산 전산매체 파일 제출 개념과 절차는
위하고 도움말에서 자세히 설명합니다.
4단계 근로소득 지급명세서 정정 제출
지급명세서는 원천세 신고와 별개로 관리됩니다.
수정 또는 기한후 자료는 홈택스에서
전자제출이 가능하다는 점을 확인합니다.
전산매체 제출요령은 국세청 배포 문서를 참고해
항목 구성과 오류 검증 기준을 준수합니다.
5단계 지방소득세 특별징수 정정과 10% 원칙
원천징수세액 변동이 생기면
지방소득세 특별징수도 함께 정정합니다.
지방소득세 특별징수는 국세 원천세의 10%가
원칙이며 납부·신고도 별도로 이뤄집니다.
위택스 공식 안내에서는
특별징수 세목과 10% 기준을 명시합니다.
정정이 필요하면 위택스에서
특별징수 메뉴로 추가 신고를 진행합니다.
6단계 헷갈리는 A90과 환급 조정 칸 정리
이전 월 수정으로 생긴 세액은
다음 정기신고서의 수정신고세액 칸,
즉 A90에 반영해 차액을 정리합니다.
다른 방법 : 차액을 원천징수이행상황신고서에 정리하지 않고
사측이 납부가능하다면 신고일에 맞추어서
고지서를 발행할 수 있습니다.
이방법은 세무서에서 수정신고와 고지서를
매치못시켜서 납부고지를 내릴수도 있습니다.
기납부 했던 세액이 납부고지되면 관할세무서
담당자에게 전화하면 고지를 없애줍니다.
국세청 Q&A는 가감계, 전월미환급세액 입력 등
환급 조정 란의 기입 요령을 제공합니다.
해당 안내를 참고해 수치 불일치를 줄입니다.
7단계 외부 공식 링크 모음
원천징수이행상황신고서 도움말
https://wehagohelp.zendesk.com/hc/ko/articles/7511655618329
연말정산 전산매체 신고 도움말
https://wehagohelp.zendesk.com/hc/ko/articles/7499151045145
홈택스 원천세 신고 메인
https://hometax.go.kr
지급명세서 전자제출 안내
https://www.nts.go.kr/nts/cm/cntnts/cntntsView.do?cntntsId=8631
위택스 지방소득세 특별징수 안내
https://www.wetax.go.kr/etr/lit/B070001M01.do
8단계 한눈에 보는 타임라인과 메뉴 맵
아래 표는 2024년 귀속을 2025년 9월에 수정할 때
작업 순서와 위하고 메뉴를 요약한 것입니다.
지급명세서 정정과 지방세 정정의 분리 처리도
함께 표시했습니다.
| 단계 | 위하고 메뉴 또는 사이트 |
| 사원 데이터 수정·재마감 | 연말정산근로소득원천징수영수증 |
| 원천세 정기수정신고 | 세무신고관리 원천징수이행상황신고서 |
| 전자신고 파일 업로드 | 홈택스 원천세 신고 |
| 지급명세서 정정 제출 | 홈택스 지급명세서 전자제출 |
| 지방소득세 정정 | 위택스 지방소득세 특별징수 |
다음 표는 세목별 기준과 10% 산식,
제출 경로를 간단 비교한 요약표입니다.
실제 신고서는 각 기관 안내를 우선합니다.
| 구분 | 산식 또는 기준제출 | 경로 |
| 국세 원천세 | 연말정산 반영 차액 신고 | 홈택스 |
| 지방소득세 특별징수 | 원천세액의 10% | 위택스 |
| 지급명세서 | 수정·기한후 전자제출 가능 | 홈택스 |
* 지급명세서 수정신고로 인해 변화하는 부분이 직원 소득금액은 법인세 혹은 종합소득세 파트에서 지급명세 가산세 발생합니다.
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